Behzad Imanian

Behzad Imanian是基因组科学中心的计算生物学家和研究员, BC Cancer Agency, Canada prior to acquiring his doctorate degree. 他参与了牛和云杉基因组测序和转录组测序的质量控制以及Pleiades启动子项目. 他的博士和博士后研究探索了恐龙长期内共生的基因组后果.

Since March 2016, 他一直领导伊利诺伊理工学院食品安全与健康研究所(IFSH)的高通量测序(HTS)项目. 他帮助建立的IFSH HTS实验室配备了先进的HTS测序仪, 它提供各种服务，包括全基因组测序(WGS), 宏基因组学(16s rDNA和霰弹枪测序)用于环境监测, transcriptomics (RNA-seq) and other HTS applications. In addition to directing the HTS laboratory, Dr. 伊朗已经在IFSH建立了生物信息学中心. 该中心拥有4台高性能计算机(hpc)和一个大型数据存储和备份系统. IFSH生物信息学中心能够提供质量控制方面的分析服务, genome and transcriptome assembly, SNP analysis, 对IFSH的所有研究人员来说都是如此, IIT, the food industry as well as outside collaborators. 该中心还为我们所有希望自己对数据进行分析工作的合作者提供直接访问IFSH hpc的威尼斯人平台.

Education

PhD in Botany 2008 - 2013 

Department of Botany, University of British Columbia 

M.Sc. in Genetics 2005 - 2006 

Department of Botany, University of British Columbia 

B.Sc. in Cell Biology and Genetics & Minor in English Literature 1998 - 2002 

University of British Columbia

Research Interests

• Gene and genome evolution
• Gene transfers (HGT & EGT)
• Organelle genome, transcriptome, proteome
• Organelle metabolism
• Evolution of biochemical pathways
• Endosymbiosis
• Reductive evolution
• Evolutionary history of eukaryotes
• Evolution of pathogenicity
• Food safety and microorganisms

Professional Affiliations & Memberships

International Association for Food Protection

Awards

NSERC Postgraduate Scholarship PGS D University of British Columbia 2009 – 2012

Four Year Fellowship University of British Columbia 2009 – 2012

Holz-Connor Travel Award International Society of Protistologists 2011

Faculty of Science Graduate Award University of British Columbia 2009

NSERC Undergraduate Scholarship University of British Columbia 2000

Bruce Nicoll Memorial Award Vancouver Community College 1997

Publications

Tian, R., Widel, M., Imanian, B. 2022. 肉毒杆菌神经毒素(BoNT)的轻链结构域，特别是受体结合结构域的c端是氨基酸变异和毒素类型多样性的热点. Genes.

Imanian, B., Donaghy, J., Jackson, T. et al. 2022. The power, potential, benefits, 以及在食品安全系统中实施高通量测序的挑战. npj Sci Food 6, 35.

Tian, R., Imanian, B. 2022. ASAP 2:一个流水线和web服务器，自动和一致地分析标记基因扩增子测序数据. BMC Bioinformatics 23, 27.

Smith, Theresa J., Tian, Renmao, Imanian, B.Williamson, CHD, Johnson, SL, Daligault, HE和Schill, KM. 2021. 含Bont基因的完整质粒在染色体上的整合 副肉毒梭菌，产孢梭菌和阿根廷梭菌. Toxins.13(7):473.

Keeling, PJ, Boscaro, V., Bardell, F., et al. 2020. A letter to Denis Lynn, Aquatic Ecosystem Health & Management, 23:1, 17-18.

Janouškovec J, Gavelis, GS, Burki F, Dinh D, Bachvaroff TR, Gornik SG, Bright KJ， Imanian B， Strom SL, Delwiche CF, Waller RF, Fensome RA, Leander BS, Rohwer FL, Saldarriaga JF. 2016. 系统转录组学揭示了鞭毛藻进化的主要转变. Proc Natl Acad Sci. 2017 114 (2) E171-E180.

Hehenberger E, Imanian B, Burki F, Keeling PJ. 2014. 在与硅藻内共生的鞭毛藻中保留两个进化上不同的质体的证据. Genome Biol Evol. 6:2321-2334.

Imanian B, Keeling PJ. 2014. 恐龙中色氨酸生物合成酶的水平基因转移和冗余. Genome Biol Evol. 6:333–43.

Burki* F, Imanian* B, Hehenberger E, Hirakawa Y, Maruyama S, Keeling PJ. 2014. 三级含质体鞭毛藻的内共生基因转移. Eukaryotic Cell. 13:246-255. *equal contribution

Imanian B, Pombert JF, Dorrell RG, Burki F, Keeling PJ. 2012. 两种恐龙的三级内共生对其鞭毛藻宿主和硅藻内共生体的线粒体基因组几乎没有变化. PLoS ONE. 7:e43763.

Imanian* B, Pombert* JF, Keeling PJ. 2010. 两种“恐龙”的全质体基因组研究. PLoS ONE. 5:e10711. *equal contribution

Imanian B, Keeling PJ. 2007. 在两个进化上截然不同的谱系中，海中鞭毛藻和叶中鞭毛藻保留了功能重叠的线粒体. BMC evolutionary biology. 7:172.

Projects

鱼类高通量测序研究课题

• 食源性细菌群落组成及其在生产周期中的过渡阶段, processing, packaging, storage, distribution and consumption of different foods
• 绘制作物和动物农场食源性细菌群落的生物地理图谱
• 人类肠道微生物组及其变化对饮食制度的反应
• 包括肉毒梭菌在内的模式细菌的毒素产生和调控
• 快速可靠地鉴定食源性微生物，包括细菌, viruses, and eukaryotic microbes of interest
• 细菌对抗生素、杀菌剂、消毒剂、高温、低温和高压的耐药性
• Evolution of pathogenicity in foodborne bacteria

IFSH HIGH THROUGHPUT SEQUENCING RESEARCH PROJECTS

• 研究操纵处理时间可能产生的诱变效应, frequency, 脉冲光仪对单核增生李斯特菌基因组的能量和电压测定
• 评价全基因组测序(WGS)在最近沙门氏菌暴发中将污染种子与发芽联系起来的应用
• 超过100组I组和II组肉毒杆菌菌株的特征与毒素基因簇的重点
• 鉴定参与肉毒杆菌神经毒素产生调控的基因, 利用转录组学(RNA-seq)分析肉毒杆菌, investigating the role of growth media, pH and temperature
• 结合工业环境下生物膜的形成，研究微生物群落的组成和过渡阶段的特征
• 在不同的工业和实验室环境中，研究选择消毒剂对微生物群落结构和组成的影响
• 底特律城市社区花园土壤微生物群落特征与比较

Expertise

遗传学，基因组学，进化生物学，高通量测序